En cuanto a la flora, debido a la extensión del Parque, en la zona norte (desde el lago Norquinco hasta el Huechulafquen) se encuentran araucarias o pehuenes, lengas y ñires. En la zona centro y sur (desde el lago Huechulafquen hasta el lago Hermoso): el raulí, el roble pellín y el coihue. Y en la zona sur (desde Meliquina y Filo Hua Hum), los bosques de ciprés.
El pehuén, conífera de aproximadamente 45 metros de altura, domina la zona norte del Parque, entre los lagos ya mencionados, aunque esta especie también se extiende más allá y llega hasta la zona de Caviahue, Copahue, más al norte de la provincia de Neuquen. Los frutos de esta conífera fueron alimento de los primeros pobladores de la zona, los pehuenches, y con el correr del tiempo sigue alimentando a los nativos actuales, pues ellos procesan las semillas, las tuestan, hierven, muelen para elaborar harinas y bebidas que les sirven de sustento.
En la cima de los cerros no hay vegetación; a una altura menor y a partir de los 800 m crecen las lengas, el coíhue, el raulí, el roble pellín y el ñire; en el sotobosque, las cañas colihue y arbustos y hacia la zona de la estepa, la más baja y la que recibe menor precipitación, pastos y matas.
Cinco especies arbóreas llamadas nothofagus (falsas hayas) son las que pueblan en gran medida esta región y proporcionan madera para fabricar muebles, muelles, postes para alambrados, puentes, artesanías, etc. En el sotobosque surgen otras especies de la zona: caña colihue, michay y espino negro, entre otros.
Sobre las ramas y troncos de los árboles dominantes suelen encontrarse unos líquenes llamados “barba de viejo”, éstos indican la presencia de aire puro, pues necesitan del oxígeno para formarse. Pareciera que son plantas parásitas, pues en algunos casos se asientan sobre ramas secas, pero en realidad son una bendición pues son indicadores de que en esa zona no hay polución.